Rapinoe lớn lên ở Redding, California, cùng với cha mẹ, Jim và Denise, và năm anh chị em của cô, bao gồm cả anh em sinh đôi, Rachael Rapinoe. Cô thần tượng anh trai Brian, và bắt đầu đá bóng từ năm ba tuổi khi anh bắt đầu chơi.[6] Khi cô mười tuổi và anh mười lăm tuổi, anh bị giam giữ ở tuổi vị thành niên, và sau đó vào và ra khỏi nhiều nhà tù khác nhau, bao gồm siêu tù Nhà tù bang Pelican Bay. Brian đã nỗ lực hết sức để tránh ma túy sau khi nhìn thấy thành công của em gái mình trong bóng đá quốc tế.[7] Đối với cả Rachael và Megan, bóng đá là một phương tiện để thoát khỏi tình trạng lạm dụng ma túy đang lan rộng ở vùng nông thôn California.[6]

Thời trung học

Rapinoe dành phần lớn tuổi trẻ của mình để chơi với các đội do cha cô huấn luyện cho đến khi học trung học.[8] Instead of playing soccer at Foothill High School, Rapinoe played for the Elk Grove Pride club team, located south of Sacramento.[9][10] Cô thi đấu khi là sinh viên năm thứ nhất và năm thứ hai; thi đấu bóng rổ với tư cách là sinh viên năm nhất, năm hai và năm cuối; và đã ở trên danh dự mỗi học kỳ của trường trung học.[10] đã được Parade và Hiệp hội Huấn luyện viên Bóng đá Quốc gia Hoa Kỳ (NSCAA) Toàn Mỹ như một junior và senior. Cô được chọn vào Đội bóng đá nữ trường trung học toàn Mỹ của McDonald năm 2004.[11] Rapinoe đã chơi cho đội Chương trình Phát triển Olympic (ODP) dưới 14 tuổi ở Bắc California vào năm 1999 cũng như đội ODP khu vực vào năm 2002.